Федеральное казначейство и его территориальные органы в соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации от 13.04.2016 № 300 «Об изменении и признании утратившими силу некоторых актов Правительства Российской Федерации» с 18 апреля 2016 года наделены функциями по контролю и надзору в финансово-бюджетной сфере, а также внешнему контролю качества работы аудиторских организаций, определенных Федеральным законом "Об аудиторской деятельности".
В целях реализации указанных функций в Управлении Федерального казначейства по Московской области создано 4 отдела:
- Контрольно-ревизионный отдел в социально-экономической сфере;
- Контрольно-ревизионный отдел в сфере деятельности силовых ведомств и судебной системы;
- Отдел по надзору за аудиторской деятельностью;
- Организационно-аналитический отдел.
Кроме того, контрольными полномочиями наделены 6 отделов Управления Федерального казначейства по Московской области, расположенных в городах Воскресенск, Дмитров, Раменское, Серпухов, Ступино и Электросталь.
Созданные отделы укомплектованы кадрами упраздненной в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 02.02.2016 № 41 "О некоторых вопросах государственного контроля и надзора в финансово-бюджетной сфере" Федеральной службы финансово-бюджетного надзора.